Bölüm, Enstitüde ıslah edilen çeşitlerin hastalık ve zararlılara duyarlılıkları, mevcut hastalık ve zararlılarla mücadele yöntemleri, sağlıklı materyal üretim teknikleri üzerinde çalışmaktadır. Mantar ve bakteri kökenli hastalıklar, zararlılar, nematodlar ve virüsler üzerinde araştırma projeleri hazırlayan ve yürüten bölüm, son yıllarda kimyasal ilaç kullanım teknikleri, kalıntı değerleri, ilaç kullanımı-çevre ilişkileri üzerinde çalışmalarını yoğunlaştırmıştır.

Araştırma programları dışında, üretici kişi ve kuruluşların talepleri üzerine hastalık ve zararlı tanımlama ve öneri sistemi hizmeti de yapmaktadır. Üretim amacıyla yurt dışından getirilen tohum, fide, fidan ve saksılı süs bitkilerinin karantina hizmetlerini de yerine getiren bölüm, Bakanlık tarafından uygulanan Entegre Mücadele projelerinde koordinatör ve uygulayıcı kuruluş olarak görev yapmaktadır.