Bölüm, Enstitüde ıslah edilen çeşitlerin hastalık ve zararlılara duyarlılıkları, mevcut hastalık ve zararlılarla mücadele yöntemleri, sağlıklı materyal üretim teknikleri üzerinde çalışmaktadır. Mantar ve bakteri kökenli hastalıklar, zararlılar, nematodlar ve virüsler üzerinde araştırma projeleri hazırlayan ve yürüten bölüm, son yıllarda kimyasal ilaç kullanım teknikleri, kalıntı değerleri, ilaç kullanımı-çevre ilişkileri üzerinde çalışmalarını yoğunlaştırmıştır. Araştırma programları dışında üretici kişi ve kuruluşların talepleri üzerine hastalık ve zararlı tanımlama ve öneri sistemi hizmetine başlamıştır. Üretim amacıyla yurt dışından getirilen tohum, fide, fidan ve saksılı süs bitkilerinin karantina hizmetlerini de yerine getiren bölüm, Bakanlık tarafından uygulanan entegre mücadele projelerinde koordinatör ve uygulayıcı kuruluş olarak görev yapmaktadır.

Enstitüdeki diğer bölümlerle işbirliği yaparak uygulama projeleri yürüten bölüm, kaliteli üretim ve bu kalitenin depolama ve pazarlama aşamalarında sürekliliğine önemli katkılar sağlamaktadır. Ayrıca çeşit seçimi ve geliştirme projelerinde hastalık ve zararlılara dayanıklılık testleri yaparak ıslah programlarına katkılarda bulunmaktadır. Yöresel sorunlarla ilgili olarak yerinde gözlemler ve uygulamalar yaparak araştırma bulgularını kısa sürede üreticilere ulaştırmaya çalışan bölüm, ticari kuruluşların araştırma programlarına da yardımcı olmaktadır. Teknik talimatlara temel teşkil edecek araştırma sonuçları ile etkili bir mücadele yapılmasına yardımcı olunmakta, insan - doğa ve çevre faktörlerini göz önünde bulunduran entegre proje anlayışı ile sağlıklı bir mücadele yapılmasının yaygınlaştırılmasına çalışılmaktadır. Kimyasallara karşı canlıların duyarlılıklarını belirleyerek uygun öneriler yapılması, ürünler üzerindeki katkı ve kalıntıların azaltılmasına yönelik yeni ilaçlama tekniklerinin geliştirilmesi de çalışmalar arasında yer almaktadır.